En la cocina se utiliza para hacer sopas, salsas o condimentar variados platos.
Entre sus efectos benéficos se destacan ser activador de las funciones orgánicas, aliviar espasmos digestivos y hepáticos, diarrea, trastornos menstruales, y jaquecas de origen nervioso, episodios asmáticos revitaliza aportando energía, siendo útil para estados depresivos no severos. Es buen mucolítico, teniendo buen resultado para mejorar catarros y resfríos. Pueden hacerse gárgaras para aliviar trastornos como garganta irritada y afonía y en buches para combatir aftas en la boca.
Las infusiones (a razón de una cucharadita de hojas frescas por taza y dejando reposar 10 minutos) también pueden ser de gran utilidad aplicadas sobre heridas para evitar y curar infecciones, siendo también fungicida. Se lo emplea también para combatir la pediculosis.
Hay personas que son alérgicas al tomillo, y tampoco debe usarse sin consultar a su médico durante el embarazo y la lactancia pues no hay estudios que aseguren la ausencia de efectos negativos.